前几天，朋友遇到一个问题：最近卖出新三板挂牌公司的股票，被扣收了40多万元个人所得税，但之前的转让、交易都没有扣收缴纳个人所得税，这次为什么扣收个人所得税？这可以与税务局沟通、扣收的个税能收回来吗？有操作空间吗？
在对这事寻根究底过程中，衍生出一个新的疑问：新三板原始股转让需要核定“合理税费”吗？前面截图扣收的个人所得税对吗？
对此，我们逐步细探。
一、新三板挂牌公司股票转让需要缴纳个人所得税吗？
就新三板挂牌公司股票转让是否缴个人所得税，财*部、税务总局及证监会于年11月30日联合发布财税（）号文（以下简称号文），明确个人转让全国中小企业股份转让系统挂牌公司（以下简称“新三板”公司）股票要区分是否是原始股，而适用不同的个人所得税*策。
1、个人转让新三板挂牌公司原始股
取得的所得，按照20%征收个人所得税；以年9月1日为分界线，相关的扣缴义务人和征管机关不一样，如下：
1.1、年9月1日之前，个人转让新三板挂牌公司原始股的个人所得税，征收管理办法按照现行股权转让所得有关规定执行，以股票受让方为扣缴义务人，由被投资企业所在地税务机关负责征收管理。
1.2、自年9月1日（含）起，个人转让新三板挂牌公司原始股的个人所得税，以股票托管的证券机构为扣缴义务人，由股票托管的证券机构所在地主管税务机关负责征收管理。
综合来说，年9月1日之前个人转让新三板原始股，由买入方代扣代缴卖出方应该缴纳的个人所得税。如果并没有扣缴记录，则可能是买入方代替卖出方申报缴纳了个人所得税（这可能性不大）；或者就是买入方只管实际付款、券商只管将款项结算（当时并无代扣代缴个税的义务）给卖出方，所以扣缴义务人买入方并没有代扣代缴、卖出方也没有申报缴纳个人所得税（这种情况的概率较大），这是新三板原始股转让个人所得税征收管理的一个漏洞！这存在以后核查补税的可能性！
而年9月1日后券商作为扣缴义务人、由券商代扣代缴个人所得税，这基本上就不会存在“漏网之鱼”。
2、个人转让新三板挂牌公司非原始股
2.1、自年11月1日（含）起，对个人转让新三板挂牌公司非原始股取得的所得，暂免征收个人所得税。
2.2、年11月1日之前，个人转让新三板挂牌公司非原始股，尚未进行税收处理的，可比照本通知第一条规定执行，已经进行相关税收处理的，不再进行税收调整。
综合来说，从年11月1日起，个人转让新三板非原始股不再征收缴纳个税；而年11月1日以前转让非原始股，没有缴纳的就不再追收缴纳、已经缴纳的，也不会退税或者抵顶其他税款，而委婉地告诉你“不再进行税收调整”，就当是为国家、为社会作出特别的贡献。
二、新三板挂牌公司原始股股票转让如何计算应缴个人所得？
计算缴纳个人所得税，第一步是确定应纳税所得额，第二步是计算应纳税额。
1、应纳税所得额
参照财税（）号与财税（）70号规定，即：
应纳税所得额＝限售股转让收入－（限售股原值+合理税费）如果纳税人未能提供完整、真实的限售股原值凭证的，不能准确计算限售股原值的，主管税务机关一律按限售股转让收入的15%核定限售股原值及合理税费。
注：财税（）号与财税（）70号所述的限售股对应为号文所述的新三板原始股。
以前述朋友年5月20日的原始股转让为例：应纳税所得额=1,,*0.96-（1,,*0.96*15%）=1,,.00（元）
2、应纳税额=应纳税所得额×20%
以前述朋友年5月20日的原始股转让为例：应纳税额=1,,.00*20%=,.20（元）
这与对账单、券商扣缴的税额一致。
三、转让原始股需要核定合理税费吗？
1、为什么要核定？因为“不能准确计算限售股原值”
财税（）号《财*部国家税务总局证监会关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关问题的通知》（以下简称号文）第三条原文：
三、个人转让限售股，以每次限售股转让收入，减除股票原值和合理税费后的余额，为应纳税所得额。即：应纳税所得额＝限售股转让收入－（限售股原值+合理税费）应纳税额=应纳税所得额×20%本通知所称的限售股转让收入，是指转让限售股股票实际取得的收入。限售股原值，是指限售股买入时的买入价及按照规定缴纳的有关费用。合理税费，是指转让限售股过程中发生的印花税、佣金、过户费等与交易相关的税费。如果纳税人未能提供完整、真实的限售股原值凭证的，不能准确计算限售股原值的，主管税务机关一律按限售股转让收入的15%核定限售股原值及合理税费。
2、合理税费需要核定吗？
2.1、在确定应纳税所得额时，需要确定三个因素：限售股转让收入、原值、合理税费。
2.2、哪些因素存在不确定性——限售股原值
限售股原值，是指限售股买入时的买入价及按照规定缴纳的有关费用（注意：限售股原值是包含买入价和买入时缴纳的有关费用），因为存在“纳税人未能提供完整、真实的限售股原值凭证的，不能准确计算限售股原值”。
而限售股转让收入——这根据限售股转让成交数量和价格可以确定；
合理税费——在限售股转让过程中发生的印花税、佣金、过户费等与交易相关的税费，根据券商收取的手续费、过户费及代扣缴纳的印花税，即可获得。
合理税费的定义：号文第三条明确“合理税费”为“是指转让限售股过程中发生的印花税、佣金、过户费等与交易相关的税费”。
2.3、笔者观点：核定合理税费的理由不够充分，或者是理解不准确，有待商榷。
综合上述确定应纳税所得额的三个因素中只是限售股原值存在不确定性，而其他两个因素都是可以确定的。
合理税费在限售股转让时即可根据券商收取的手续费、过户费及代扣缴纳的印花税而简单加计算出，是很清晰、很准确的，不需要核定。
故，对“主管税务机关一律按限售股转让收入的15%核定限售股原值及合理税费”的描述，其中“合理税费”是否理解为“获得限售股时应该缴纳的税费”，以此对比两句话的描述：
一律按限售股转让收入的15%核定限售股原值及合理税费
一律按限售股转让收入的15%核定限售股原值及买入限售股时按照规定应该缴纳的相关税费
以上述朋友年5月20日的原始股转让为例，则其应纳税所得额=1,,*0.96-（1,,*0.96*15%+1,.04+1,.36+31.58）=1,,.02（元）
其中1：限售股原值=1,,*0.96*15%=,.00元（按转让收入的15%核定限售股原值及买入限售股时应缴纳的相关税费）
其中2：限售股转让时的税费=1,.04+1,.36+31.58=3,.98元（含券商收取的手续费、过户登记费、印花税）
应纳税额=1,,.02*20%=,.20（元），比券商扣缴的个税将少.00元。
四、附件：财税（）号、财税（）号、财税（）70号
附：财税（）号
各省、自治区、直辖市、计划单列市财*厅（局），国家税务总局各省、自治区、直辖市、计划单列市税务局，*生产建设兵团财*局，全国中小企业股份转让系统有限责任公司，中国证券登记结算有限责任公司：
为促进全国中小企业股份转让系统（以下简称新三板）长期稳定发展，现就个人转让新三板挂牌公司股票有关个人所得税*策通知如下：
一、自年11月1日（含）起，对个人转让新三板挂牌公司非原始股取得的所得，暂免征收个人所得税。
本通知所称非原始股是指个人在新三板挂牌公司挂牌后取得的股票，以及由上述股票孳生的送、转股。
二、对个人转让新三板挂牌公司原始股取得的所得，按照“财产转让所得”，适用20%的比例税率征收个人所得税。
本通知所称原始股是指个人在新三板挂牌公司挂牌前取得的股票，以及在该公司挂牌前和挂牌后由上述股票孳生的送、转股。
三、年9月1日之前，个人转让新三板挂牌公司原始股的个人所得税，征收管理办法按照现行股权转让所得有关规定执行，以股票受让方为扣缴义务人，由被投资企业所在地税务机关负责征收管理。
自年9月1日（含）起，个人转让新三板挂牌公司原始股的个人所得税，以股票托管的证券机构为扣缴义务人，由股票托管的证券机构所在地主管税务机关负责征收管理。具体征收管理办法参照《财*部国家税务总局证监会关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关问题的通知》（财税〔〕号）和《财*部国家税务总局证监会关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关问题的补充通知》（财税〔〕70号）有关规定执行。
四、年11月1日之前，个人转让新三板挂牌公司非原始股，尚未进行税收处理的，可比照本通知第一条规定执行，已经进行相关税收处理的，不再进行税收调整。
五、中国证券登记结算公司应当在登记结算系统内明确区分新三板原始股和非原始股。中国证券登记结算公司、证券公司及其分支机构应当积极配合财*、税务部门做好相关工作。
财*部税务总局证监会
年11月30日
附：财税（）号
各省、自治区、直辖市、计划单列市财*厅（局）、国家税务局、地方税务局，*生产建设兵团财务局，上海、深圳证券交易所，中国证券登记结算公司：为进一步完善股权分置改革后的相关制度，发挥税收对高收入者的调节作用，促进资本市场长期稳定健康发展，经国务院批准，现就个人转让上市公司限售流通股（以下简称限售股）取得的所得征收个人所得税有关问题通知如下：一、自年1月1日起，对个人转让限售股取得的所得，按照“财产转让所得”，适用20%的比例税率征收个人所得税。二、本通知所称限售股，包括：1.上市公司股权分置改革完成后股票复牌日之前股东所持原非流通股股份，以及股票复牌日至解禁日期间由上述股份孳生的送、转股（以下统称股改限售股）；2.年股权分置改革新老划断后，首次公开发行股票并上市的公司形成的限售股，以及上市首日至解禁日期间由上述股份孳生的送、转股（以下统称新股限售股）；3.财*部、税务总局、法制办和证监会共同确定的其他限售股。三、个人转让限售股，以每次限售股转让收入，减除股票原值和合理税费后的余额，为应纳税所得额。即：应纳税所得额＝限售股转让收入－（限售股原值+合理税费）应纳税额=应纳税所得额×20%本通知所称的限售股转让收入，是指转让限售股股票实际取得的收入。限售股原值，是指限售股买入时的买入价及按照规定缴纳的有关费用。合理税费，是指转让限售股过程中发生的印花税、佣金、过户费等与交易相关的税费。如果纳税人未能提供完整、真实的限售股原值凭证的，不能准确计算限售股原值的，主管税务机关一律按限售股转让收入的15%核定限售股原值及合理税费。四、限售股转让所得个人所得税，以限售股持有者为纳税义务人，以个人股东开户的证券机构为扣缴义务人。限售股个人所得税由证券机构所在地主管税务机关负责征收管理。五、限售股转让所得个人所得税，采取证券机构预扣预缴、纳税人自行申报清算和证券机构直接扣缴相结合的方式征收。证券机构预扣预缴的税款，于次月7日内以纳税保证金形式向主管税务机关缴纳。主管税务机关在收取纳税保证金时，应向证券机构开具《中华人民共和国纳税保证金收据》，并纳入专户存储。根据证券机构技术和制度准备完成情况，对不同阶段形成的限售股，采取不同的征收管理办法。（一）证券机构技术和制度准备完成前形成的限售股，证券机构按照股改限售股股改复牌日收盘价，或新股限售股上市首日收盘价计算转让收入，按照计算出的转让收入的15%确定限售股原值和合理税费，以转让收入减去原值和合理税费后的余额，适用20%税率，计算预扣预缴个人所得税额。纳税人按照实际转让收入与实际成本计算出的应纳税额，与证券机构预扣预缴税额有差异的，纳税人应自证券机构代扣并解缴税款的次月1日起3个月内，持加盖证券机构印章的交易记录和相关完整、真实凭证，向主管税务机关提出清算申报并办理清算事宜。主管税务机关审核确认后，按照重新计算的应纳税额，办理退（补）税手续。纳税人在规定期限内未到主管税务机关办理清算事宜的，税务机关不再办理清算事宜，已预扣预缴的税款从纳税保证金账户全额缴入国库。（二）证券机构技术和制度准备完成后新上市公司的限售股，按照证券机构事先植入结算系统的限售股成本原值和发生的合理税费，以实际转让收入减去原值和合理税费后的余额，适用20%税率，计算直接扣缴个人所得税额。六、纳税人同时持有限售股及该股流通股的，其股票转让所得，按照限售股优先原则，即：转让股票视同为先转让限售股，按规定计算缴纳个人所得税。七、证券机构等应积极配合税务机关做好各项征收管理工作，并于每月15日前，将上月限售股减持的有关信息传递至主管税务机关。限售股减持信息包括：股东姓名、公民身份号码、开户证券公司名称及地址、限售股股票代码、本期减持股数及减持取得的收入总额。证券机构有义务向纳税人提供加盖印章的限售股交易记录。八、对个人在上海证券交易所、深圳证券交易所转让从上市公司公开发行和转让市场取得的上市公司股票所得，继续免征个人所得税。九、财*、税务、证监等部门要加强协调、通力合作，切实做好*策实施的各项工作。请遵照执行。
财*部国家税务总局证监会二○○九年十二月三十一日
附：财税（）70号
各省、自治区、直辖市、计划单列市财*厅（局）、国家税务局、地方税务局，*生产建设兵团财务局，上海、深圳证券交易所，中国证券登记结算公司：为进一步规范个人转让上市公司限售股（以下简称限售股）税收*策，加强税收征管，根据财*部、国家税务总局、证监会《关于个人转让上市公司限售股征收个人所得税有关问题的通知》（财税[]号）的有关规定，现将个人转让限售股所得征收个人所得税有关*策问题补充通知如下：一、本通知所称限售股，包括：（一）财税[]号文件规定的限售股；（二）个人从机构或其他个人受让的未解禁限售股；（三）个人因依法继承或家庭财产依法分割取得的限售股；（四）个人持有的从代办股份转让系统转到主板市场（或中小板、创业板市场）的限售股；（五）上市公司吸收合并中，个人持有的原被合并方公司限售股所转换的合并方公司股份；（六）上市公司分立中，个人持有的被分立方公司限售股所转换的分立后公司股份；（七）其他限售股。二、根据《个人所得税法实施条例》第八条、第十条的规定，个人转让限售股或发生具有转让限售股实质的其他交易，取得现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益均应缴纳个人所得税。限售股在解禁前被多次转让的，转让方对每一次转让所得均应按规定缴纳个人所得税。对具有下列情形的，应按规定征收个人所得税：（一）个人通过证券交易所集中交易系统或大宗交易系统转让限售股；（二）个人用限售股认购或申购交易型开放式指数基金（ETF）份额；（三）个人用限售股接受要约收购；（四）个人行使现金选择权将限售股转让给提供现金选择权的第三方；（五）个人协议转让限售股；（六）个人持有的限售股被司法扣划；（七）个人因依法继承或家庭财产分割让渡限售股所有权；（八）个人用限售股偿还上市公司股权分置改革中由大股东代其向流通股股东支付的对价；（九）其他具有转让实质的情形。三、应纳税所得额的计算（一）个人转让第一条规定的限售股，限售股所对应的公司在证券机构技术和制度准备完成前上市的，应纳税所得额的计算按照财税[]号文件第五条第（一）项规定执行；在证券机构技术和制度准备完成后上市的，应纳税所得额的计算按照财税[]号文件第五条第（二）项规定执行。（二）个人发生第二条第（一）、（二）、（三）、（四）项情形、由证券机构扣缴税款的，扣缴税款的计算按照财税[]号文件规定执行。纳税人申报清算时，实际转让收入按照下列原则计算：第二条第（一）项的转让收入以转让当日该股份实际转让价格计算，证券公司在扣缴税款时，佣金支出统一按照证券主管部门规定的行业最高佣金费率计算；第二条第（二）项的转让收入，通过认购ETF份额方式转让限售股的，以股份过户日的前一交易日该股份收盘价计算，通过申购ETF份额方式转让限售股的，以申购日的前一交易日该股份收盘价计算；第二条第（三）项的转让收入以要约收购的价格计算；第二条第（四）项的转让收入以实际行权价格计算。（三）个人发生第二条第（五）、（六）、（七）、（八）项情形、需向主管税务机关申报纳税的，转让收入按照下列原则计算：第二条第（五）项的转让收入按照实际转让收入计算，转让价格明显偏低且无正当理由的，主管税务机关可以依据协议签订日的前一交易日该股收盘价或其它合理方式核定其转让收入；第二条第（六）项的转让收入以司法执行日的前一交易日该股收盘价计算；第二条第（七）、（八）项的转让收入以转让方取得该股时支付的成本计算。（四）个人转让因协议受让、司法扣划等情形取得未解禁限售股的，成本按照主管税务机关认可的协议受让价格、司法扣划价格核定，无法提供相关资料的，按照财税[]号文件第五条第（一）项规定执行；个人转让因依法继承或家庭财产依法分割取得的限售股的，按财税[]号文件规定缴纳个人所得税，成本按照该限售股前一持有人取得该股时实际成本及税费计算。（五）在证券机构技术和制度准备完成后形成的限售股，自股票上市首日至解禁日期间发生送、转、缩股的，证券登记结算公司应依据送、转、缩股比例对限售股成本原值进行调整；而对于其他权益分派的情形（如现金分红、配股等），不对限售股的成本原值进行调整。（六）因个人持有限售股中存在部分限售股成本原值不明确，导致无法准确计算全部限售股成本原值的，证券登记结算公司一律以实际转让收入的15％作为限售股成本原值和合理税费。四、征收管理（一）纳税人发生第二条第（一）、（二）、（三）、（四）项情形的，对其应纳个人所得税按照财税[]号文件规定，采取证券机构预扣预缴、纳税人自行申报清算和证券机构直接扣缴相结合的方式征收。本通知所称的证券机构，包括证券登记结算公司、证券公司及其分支机构。其中，证券登记结算公司以证券账户为单位计算个人应纳税额，证券公司及其分支机构依据证券登记结算公司提供的数据负责对个人应缴纳的个人所得税以证券账户为单位进行预扣预缴。纳税人对证券登记结算公司计算的应纳税额有异议的，可持相关完整、真实凭证，向主管税务机关提出清算申报并办理清算事宜。主管税务机构审核确认后，按照重新计算的应纳税额，办理退（补）税手续。（二）纳税人发生第二条第（五）、（六）、（七）、（八）项情形的，采取纳税人自行申报纳税的方式。纳税人转让限售股后，应在次月七日内到主管税务机关填报《限售股转让所得个人所得税清算申报表》，自行申报纳税。主管税务机关审核确认后应开具完税凭证，纳税人应持完税凭证、《限售股转让所得个人所得税清算申报表》复印件到证券登记结算公司办理限售股过户手续。纳税人未提供完税凭证和《限售股转让所得个人所得税清算申报表》复印件的，证券登记结算公司不予办理过户。纳税人自行申报的，应一次办结相关涉税事宜，不再执行财税[]号文件中有关纳税人自行申报清算的规定。对第二条第（六）项情形，如国家有权机关要求强制执行的，证券登记结算公司在履行告知义务后予以协助执行，并报告相关主管税务机关。五、个人持有在证券机构技术和制度准备完成后形成的拟上市公司限售股，在公司上市前，个人应委托拟上市公司向证券登记结算公司提供有关限售股成本原值详细资料，以及会计师事务所或税务师事务所对该资料出具的鉴证报告。逾期未提供的，证券登记结算公司以实际转让收入的15%核定限售股原值和合理税费。六、个人转让限售股所得需由证券机构预扣预缴税款的，应在客户资金账户留足资金供证券机构扣缴税款，依法履行纳税义务。证券机构应采取积极、有效措施依法履行扣缴税款义务，对纳税人资金账户暂无资金或资金不足的，证券机构应当及时通知个人投资者补足资金，并扣缴税款。个人投资者未补足资金的，证券机构应当及时报告相关主管税务机关，并依法提供纳税人相关资料。
财*部国家税务总局证监会二○一○年十一月十日
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